袋料香菇长出绿霉菌很可能是环境温度高、湿度大、通风不好造成的。另外，菌袋在运输过程中，由于频繁震动，绿霉孢子容易进入菌袋，加上菌丝受到伤害，抵抗力减弱，也容易被污染。
为防止绿霉菌浸染，培养料灭菌时要彻底，或在配制培养料时加入0.5％多菌灵，以抑制其生长。在菌丝培养过程中，发现严重被浸染的菌袋（瓶）需拣出，使其远离发菌出菇场地。如有不严重点式斑块状浸染，菌袋仍可利用，但最好与优质菌袋分开管理。香菇脱袋时及头一二潮菇出菇期出现绿霉菌可用0.2％多菌灵或0.2％代森锌，或浓石灰水（5％）涂抹或喷洒被害部位，以防扩散。用2％甲醛和5％碳酸混合液处理浸染部位也能抑制其生长。出菇中、后期出现绿霉菌，采菇后晒棚可抑制其生长，但如果绿霉菌污染面积过大，则无法补救了。