香菇胶囊菌种具有标准性、高效性与安全性、经济性和便携性等技术优势，接种成活率高、安全性好，尤其采用开放式接种，具有省时、省力、提高工效等优点，可比常规菌种（接种箱接种）提高工效1-2倍。采用胶囊菌种接种每千段菌棒的综合成本可比使用传统菌种节支120元，且菌种原料消耗比常规菌种降低80%以上。
　　胶囊菌种应用时，在料棒的生产制作上按常规即可，不过装袋要均匀紧实，与传统菌种相比，两者的最大区别在料棒的接种环节。
接种场所的选择
　　接种要求在接种室、塑料帐式接种篷或洁净密封的房间内进行（接种也可与冷却在同一场所进行），用接种箱接种不仅劳动强度大，而且将严重影响接种速度，一般情况下较少选用。接种室要求洁净、无灰尘、相对密封。若接种室过大或密封条件差，也可在接种室内或在避风、无雨淋、洁净的场所用塑料膜搭建帐式接种篷，在塑料帐式接种篷内完成接种。
接种场所的清理与消毒
　　接种前一周要对接种场所进行一次全面的清洗。接种前1-2天将冷却好的料棒搬进接种室，然后用气雾消毒剂进行空间消毒，每立方米空间的消毒剂用量为2-4克。为减少消毒剂对人体的刺激和对环境的污染，可再适当减少消毒药剂用量。在有机香菇生产时可免用化学消毒剂。
接种前准备和接种用具消毒
　　接种人员进入接种室时应换上洁净的衣服和鞋子，接种操作者的双手和供接种用的专用打孔棒等要用75％的药用酒精擦拭消毒，打孔棒还要在酒精灯火焰上方过一下，避免酒精液珠残留棒上。
接种操作分工
　　接种操作一般以3－4人为一组，具体作如下分工：1人用胶囊菌种接种专用打孔棒在料棒上打穴，1－2人取胶囊菌种塞入接种穴内，另一人堆叠已接入菌种的菌棒。
打穴方法
　　打穴时，要打一穴立即接入一颗胶囊菌种，尽量缩短菌种在空间暴露时间，套外袋的料棒则要从套袋底端开始打穴。打穴操作者要做到打孔棒不离手，不随处放置打孔棒，最为科学的操作是在打好一个穴孔、拔出打孔棒后，立即将打孔棒打入另一穴中，这样就可避免打孔棒长时间暴露空中。
取种方法与菌种塞入
　　胶囊菌种每张有600颗菌种粒，可接种600个接种穴。为方便接种时取种，在接种前可根据接种量要求用单面刀片从反面把整张胶囊菌种分割成若干块。胶囊菌种的取种方法是用右手食指轻按菌种上部的白色透气盖，用左手食指在菌种的底部将整颗菌种往上托，然后用右手大拇指和食指轻轻挟住透气盖即可取出菌种。取出的菌种要迅速塞入接种穴内，并轻压透气盖使其与料棒表面密封，这样即完成一个接种穴的接种工作。需特别指出的是取种时尽可能不要触摸透气盖下面的菌种部分。
接种量要求
　　用胶囊菌种接种料棒的接种孔数量要求一般为：15×55厘米规格的料棒每棒需接种3穴，17－18×55厘米规格的料棒每棒需接种4穴，更大规格的料棒可根据实际情况适当增加接种穴数。
菌棒的堆叠与接种后的空间消毒
　　接种后的菌棒可按柴片形或井字形堆叠，堆叠时要求将接种穴朝向空隙处，使菌棒之间不相互压着接种穴。全部料棒接种完成后，要用气雾消毒剂（2克/立方米）对堆叠菌棒的场所再进行一次空间消毒，这对提高接种成活率非常有利。
接种后的管理
　　用胶囊菌种接种的菌棒自培菌管理起，直至整个栽培管理结束期间的所有管理工作均可按常规技术进行，这与用传统菌种没有差别。需注意的是当接种穴的菌丝长至直径6-8cm大小时，应结合刺孔通气操作同时去掉接种穴上的透气盖（一般会自动脱落）。 （庆元食用菌科研中心）