经全国人大常委会的两次审议，《社会保险法(草案)》自2008年12月28日至2009年2月15日对外公开征求意见。其中草案第二十四条规定：“省、自治区、直辖市人民政府根据实际情况可以将城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗统一标准合并实施。”这一体现了将城镇居民基本医疗保险制度与新型农村合作医疗并轨的立法导向引起很多争议。业内人士认为，新农合与城镇居民医保如何并轨成关键。
　　首都经济贸易大学社会保障研究中心副主任朱俊生认为，城乡统筹绝不是简单统一，关键是要有一体化的制度设计理念。
　　虽然将城镇居民医保和新农合统一标准、合并实施的初衷是好的，但由于目前我国城乡经济发展存在巨大差异，有人认为这可能会导致“穷帮富”的结果，造成城镇居民侵占农民利益，进而产生极大的不公。
　　面对这些质疑，朱俊生认为，合理的制度设计可以解决制度并轨可能产生的负面作用。他说，“针对区域经济社会发展不平衡的状况，可以采取分层次的原则，根据农民和被征地农民的实际收入水平以及原新农合缴费水平的实际，制定适合不同经济能力人群的个人缴费标准。同时，为了统筹城乡，实现基本公共服务均等化，要逐步加大财政对农村居民的补贴力度，财政对城镇和农村居民必须实行统一的补贴标准。”（摘自《经济参考报》 何蓓 陈圣莉/文 2009年2月9日）