为保证甲鱼质量，近年来，杭州市余杭区委区政府和有关部门以及养殖大户们作出了不懈努力，在提高养殖户组织化程度、实行标准化生产、严格质量监管等方面成效显著。
保障一：组织化
　　提高农民组织化程度是保证产品质量的有效手段。近年来，余杭区重点培育发展了以“本牌”甲鱼为龙头的甲鱼产业化组织体系，组建成立了区本牌中华鳖管理协会和4家区域性甲鱼专业合作社，并培育了浙江上升农业开发有限公司、浙江蓝天生态农业开发有限公司、杭州闲林龚老汉特种水产有限公司等龙头企业，通过专业合作组织和龙头企业把千家万户联为一体，提高了行业的组织化程度，有效地加强了行业自律，提升了产品质量。如本牌中华鳖管理协会，实行统一技术、统一服务、统一商标、统一包装、统一销售的“五统一”管理模式，为会员提供产前至产后的全程服务，对推进全区生态甲鱼产业发展及技术服务、标准化生产、品牌建设、市场营销等方面都起到了十分重要的带动作用。目前，该协会已有257名会员，养殖面积11160亩。
保障二：标准化
　　标准化生产是保证产品质量的关键途径。在甲鱼产业发展过程中，余杭以标准化建设为抓手，切实加大质量安全管理力度。先后制定了《本牌中华鳖》和《无公害中华鳖》两个省级地方标准，建成了国家级“万亩本牌中华鳖标准化示范区”和农业部“中华鳖生态健康养殖示范区”。本牌协会还将标准化生产与品牌使用相挂钩，加强了标准化实施和监督力度，使标准化生产落到实处，如运河镇双桥村的所有48户养殖户全部实行了标准化生产。
保障三：全程监管
　　投入品管理和质量监测是保证产品质量的有力武器。余杭区将渔业投入品监管与质量安全管理有机结合起来，积极开展对产地环境、养殖生产、投入品、加工、销售等环节的全程监管，确保了甲鱼从池塘到餐桌的全程安全。鼓励企业建立实验室，以过程性监测为重点，采取政府强制性检测与业主自律性检测、市场准入检测相结合，实行甲鱼产品市场准入制度，定期发布质量安全监测信息，对甲鱼产品质量安全状况实行有效监控。