近年来，南浔区按照统筹城乡发展，推进社会主义新农村建设的总体要求，通过产业结构调整，培育特色基地，壮大产业主体，注重、生态、文化、科技等农业功能的开发，全区农业和农村经济出现了持续、健康的发展态势。2006年全区农林牧渔业总产值24.85亿元，农民人均纯收入8396元。
　　培育主导产业，推进“三带二区”建设。根据各地的生产特点和产地优势，加快规模化专业化生产和区域化布局，积极培育农业优势产业。一是做强练市、善琏、千金为重点区域的现代畜牧产业带；二是做优菱湖、和孚为重点区域的现代水产产业带；三是发展湖盐公路沿线优质蔬果产业带；四是加快浔练公路沿线高效、生态、休闲观光设施农业园区建设；五是着力推进粮油生产机械化全程服务示范区建设。
　　培育生产经营主体，带动产业发展。全区已发展畜禽、粮食、蔬菜、饲料、水产品等各类农业企业165家，其中省级2家，资产总额达16.06亿元，年销售收入31.3亿元。农民专业合作社总数达到了50家，其中有3家被评为省级示范性专业合作社，全区合作社资产总额达到10063万元，入社会员3164户，带动周边农户近27906户。
　　打造农业品牌，提高农产品市场竞争力。全区有无公害农产品49只，绿色食品5只，省级名牌2个，省级著名商标2个，14个产品获省农博会金奖。农产品出口外销和供沪数量大幅增长。2006年供沪农产品金额达9.3亿元，农产品自营出口额达1.27亿美元,外贸供货值达到5.78亿元，2003年和2006年全区先后二次进入全省外向型农业前10名。
　　治理农业面源污染，改善农村生态环境。近年来，南浔区高度重视农业面源污染治理工作，全面启动规模畜禽养殖场污染治理， 有50个常年存栏300头以上规模猪场的污染得到治理。老鱼塘改造力度加强，整治改造好的标准鱼塘达8879亩，促进了现代渔业的发展。全区推广测土配方施肥和统防统治措施，减少农业投入品用量，控制农业面源污染。
　　开发农业多种功能，发展休闲观光农业。近年来，南浔区充分发挥靠近上海的区位优势、依托本地农业资源、发挥丝绸、湖笔文化及古镇特色，大力发展一批集观光、休闲娱乐、特色餐饮功能于一体的现代休闲农业园区。全区有与古村落交融一体的“荻港渔庄”，还有可发挥农业多种功能的“浙江未来高新生态农业园区”等，休闲观光农业蓬勃发展。