绿色食品监管制度包括：企业年检、产品质量抽检、标志市场监察、质量安全预警、公告通报等五项监管制度。
　　绿色食品企业年度检查，
是指为了规范绿色食品企业工作，加强对绿色食品企业产品质量和绿色食品标志使用的监督管理。中国绿色食品发展中心组织各地方绿色食品管理机构对辖区内获得绿色食品标志使用权的企业，在一个标志使用年度内的绿色食品生产经营活动、产品质量及标志使用行为，实施监督、检查、考核、评定等。年检结论处理包括作出年检合格、整改、不合格三种。
　　绿色食品产品质量年度抽检，是指中国绿色食品发展中心对已获得绿色食品标志使用权的产品采取监督性抽查检验，是绿色食品证后监管的一项刚性化手段。产品抽检工作由中国绿色食品中心制定抽检计划，委托相关绿色食品产品质量监测机构按计划进行，各地绿办予以配合。抽检不合格的产品，取消其消费标志使用权，并予以公告。
　　绿色食品标志市场监察，
是指为了加强绿色食品标志使用的市场监督管理，规范企业用标，打击假冒行为，维护绿色食品的公信力，对市场上绿色食品标志使用情况进行的监督检查。监察行动每年集中开展1-2次。主要完成三项任务：一是规范绿色食品标志及产品编号的使用；二是查处假冒绿色食品的行为；三是实施绿色食品产品质量年度抽样检验。
　　绿色食品质量安全预警制度，是在中国绿色食品发展中心的统一部署下，组织质量安全预警信息员和相关监测机构，收集危害产品质量安全的信息，经专家分析、评估后作出相应的防范措施，从而最大程度减低危害所造成的损失。质量安全信息分为红色风险、橙色风险和黄色风险3个级别。根据质量安全信息分级，分别采取不同的处置措施。
　　绿色食品公告通报制度，
是指通过媒体向社会发布以及以文件形式向绿色食品工作系统及有关企业告知绿色食品重要事项或法定事项。实施公告通报制度是标志管理的一个重要手段。中国绿色食品发展中心不仅对取消标志使用权的不合格产品予以公告，而且对拒绝年检或经年检不合格的企业也予以公告。对于年检工作不力或严重失职的单位和个人，予以通报并追究其责任。通过公告、通报制度的实施，建立了标志管理的自我约束机制、退出淘汰机制和信用体系，树立了绿色食品严格监管的社会形象。