秀珍菇。一是及时清洗水淹场地，清理杂物，用清水冲洗沉积在袋内袋外的污泥。二是保持环境卫生。用石灰水等进行栽培场的消毒、杀菌、杀虫。三是加强通风，降低菌包含水量，可采取菌包干打（打冷）的方法，防止其霉烂。四是及时将现有菌包排袋出菇，减少损失。
　　竹荪。一是做好田间排水工作，清理竹荪畦床杂质。二是针对畦床覆盖物被洪水冲走的菇棚，要及时用稻草或遮阳网覆盖，以防高温引起死菇。三是施肥壮菌，可施尿素、硫酸钾复合肥等。
　　香菇、灵芝。一是做好积水清排工作。二是加固菇棚、菇架，防止倒塌，以免菇棒受损。三是做好香菇菇棚和菌棒的消毒、遮荫、降温降湿工作，及时把未脱袋的香菇菌袋用5%的石灰水浸泡消毒，已脱袋覆土的大田撒石灰粉消毒，防止杂菌侵染。四是被洪水冲浮的段木灵芝及时用土覆盖。
　　可采收食用菌、受损原料和污染菌棒的处置。一是及时采收已成熟食用菌（如木耳、茶树菇），防止流耳或成熟孢子四处飞扬，影响下季生产。二是对原料受淹的、菌棒受损后不能继续栽培的，趁晴好天气及时翻晒受淹（潮）原材料，防止霉变，减少损失。三是将受损后污染的菌棒，作焚烧、填埋等无害化处理，不应随意遗弃污染生产环境。