近年来，各地兴建的大中型沼气工程大都已投入运行。在运行中，要确保安全，必须遵循以下几条规程：
　　1.必须对员工进行系统安全教育，建立定期安全学习制度。
　　2.沼气工程应配备相应的消防器材和保护性安全器具；制定火警、易燃及有害气体泄漏、爆炸、自然灾害等意外事件的紧急应变计划；应在醒目位置设立禁火标志，严禁烟火。
　　3.运行管理人员必须了解沼气工程内的各种有害因素，以及操作、维修的利害关系。操作人员上岗时必须穿戴相应的保护设备，做好安全防范。
　　4.对产生、输送、贮存沼气的设施应做好安全防护，并符合下列规定：严禁沼气泄漏或空气进入厌氧消化器及沼气贮气、配气系统；严禁违章明火作业；贮气柜内蓄水池的水严禁随意排放，以防产生负压损坏罐体。
　　5.对含有有害气体或可燃气体的构筑物、容器进行清理和维修时，应打开通气孔与顶盖，通风24小时以上，采用活体小动物进行有害气体检测无误后，检修人员方可入池检查，池外须有人进行安全保护，以防发生意外。
　　6.电气设备必须可靠接地；操作电器开关时，应按电工安全用电操作规程进行；严禁非本岗位人员启、闭机电设备；维修各种设备时必须切断电源，并应在控制箱外挂维修警示牌；在运转中清理机电设备及周围环境卫生时，严禁擦拭设备运转部位，不得将冲洗水溅到电缆头和电机。
　　7.操作人员应熟练掌握，并会合理使用灭火器具。有害气体、异味、粉尘和环境潮湿的场所，必须保持通风良好。
　　8.清捞杂物、浮渣及清扫沼气池时，应有安全及监护措施。在构筑物上或敞开式沼气池边巡视、操作时，应注意安全；雨天或冰雪天气应特别注意防滑。
　　9.制定预防突发事故的紧急预案及采用的相关措施。